Аркнайтс: Прелюдия к рассвету

События аниме происходят в мире, который называется Терра. Он очень похож на Землю, но населяющие его живые организмы обладают большими чертами животных, а самое главное, способностью применять магию. Эти магические способности получили название Искусство Оригиниума. Еще одним отличием Терры являются постоянные Катастрофы, из-за которых население планеты вынуждено перемещаться, чтобы не погибнуть. Эти Катастрофы стали причиной появление нового смертельного заболевания, которое назвали Орипатия. Заболевшие умирали со стопроцентной вероятностью, а заразность болезни была очень высокая.

Именно поэтому инфицированных выгоняли из общества, чтобы не допускать массового распространения болезни. Главным героем произведения является человек по кличке Доктор. У него амнезия, поэтому он совершенно ничего не помнит о своем прошлом. Однако, это не мешает ему командовать кампанией «Остров Родос», занимающейся фармакологией и медициной. Члены этой организации не только лечат инфицированных, но также и сражаются против организации зараженных, решивших во что бы то ни стало отомстить правительству за преследование людей, заразившихся Орипатией.