История Ай Хайбары: Железный таинственный поезд

История о Шихо и Акеими, что рано лишились своих родителей. Как и бывает в таком случае, есть два варианта дальнейшего развития события. Дети либо умирают, или же попадают в приёмную семью. Однако главные герои не просто попали в семью, а в тайную организацию под названием «Чёрная организация», что фактически вырастила двух молодых людей. Проходит несколько лет, и Шихо вынуждена оставить свою сестру, что переезжает уже в другую организацию. А именно девушка становится членом секретной группировки «Серебряная пуля». Проходит время и Шихо лишь собирает немного информации о своей родственнице, так как некоторая информация засекречена.

Вскоре девушка сталкивается с ядом, что может помочь вывести её на поиск ответов на свои вопросы. Пытаясь изучать состав яда, она сталкивается с проблемой, но вскоре окажется в новом приключении, которое касается преступной группировки и таинственного города. Пройдя через все испытания, главная героиня может вновь встретить свою сестру, а также узнать о Хайбаре. Вскоре становится понятно, что на самом деле это не просто случайная встреча, а судьба, которая полностью движет главными героями, позволяя им принимать для себя важные решения.