Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События начинают разворачиваться после завершения строительства космического подъемника в городе Академии-Сити. Основные персонажи, Индекс и Тома, случайно сталкиваются с загадочной молодой дамой по имени Ариса Мэйго, обладающей необычными способностями. Однако их встреча привлекает внимание "Ассоциации магов", которая начинает преследовать Арису и запускает нападение на Академию. В ответ на эту угрозу, возглавляемую таинственным Шатауром Секвенцией, формируются силы обороны для защиты города.

Стэйл Магнус раскрывает, что Ариса может стать ключевым элементом в политических интригах, провоцируя войну между миром магии и наукой. Герои решают переключить свое внимание на защиту Арисы и предотвращение возможной катастрофы, связанной с ее использованием в политических маневрах. По мере того как события развиваются, герои сталкиваются с трудными решениями и моральными дилеммами, стоя перед выбором между силами магии и прогрессом науки. В то время как напряжение между противниками нарастает, раскрываются новые аспекты личных связей, добавляя еще больше сложности в уже напряженную обстановку.